Nella Sacrestia, ove si trova il grandissimo bancone settecentesco, opera del falegname Pietro Paoleschi, sono esposti diversi quadri ad olio, tutti dei secoli XVII e XVIII, tra i quali l'immagine di S. Barbara, originariamente conservata nella cappella della Fortezza; la grande stanza è ornata da tutta una quadreria particolare, nella quale spiccano l'immagine di S. Antonio da Padova, del sec. XVII, il Volto Santo di Lucca, il ritratto di S. Carlo Borromeo, altro protettore del paese (vi si legge il pentametro "Protege qui tecum Carole nomen habet").
Ridiscendendo nella navata principale, si incontra la Cappella del SS. Sacramento, ampliata nel 1806 su disegno di Innocenzo Ansaldi, occupando in parte l'oratorio del Rosario: vi si conserva un crocifisso ligneo del sec. XV, di scuola fiorentina, dietro il quale spicca uno splendido ornato seicentesco a forma di croce, di legno dorato. Segue la Cappella del Rosario, ora sede del Museo Parrocchiale. In essa è visibile il Fonte Battesimale, del 1596, circondato da membrature architettoniche cinquecentesche, inserito in una cappella coeva ricavata nel vano del campanile. Le opere esposte sono la Madonna col Bambino, tavola del pittore lucchese Francesco Anguilla, firmata e datata 1434; il S. Antonio abate, recentemente restaurato, risalente al secondo decennio del '400, di mano di Francesco di Valdambrino, contemporaneo di Jacopo della Quercia, il Gesù Morto, anch'esso restaurato da poco, del sec. XVII-XVIII; la Madonna in trono col Bambino e i santi Domenico e Caterina, del 1667, dipinta dal fiorentino Camillo Ciai, operante a Lucca, è esposto inoltre il grande affresco, oggi staccato, raffigurante l'Ultima Cena, del sec. XVIII, un'opera inconsueta in quanto dipinta ad olio. Nelle nicchie, reliquiari ed oggetti liturgici dei secoli XVII e XVIII, alcuni dei quali appartenenti al ricco tesoro della chiesa. Ritornati in chiesa, si incontra a destra la cappella della Madonna del Soccorso: elevata alla dignità di santuario dal Vescovo di Pescia nel 1961, racchiude nella seicentesca cornice marmorea dell'altare l'affresco di scuola fiorentina della seconda metà del sec. XV, trasportato nella posizione attuale nel '700 e restaurato nel 1995, rappresentante la Madonna nell'atto di proteggere un bambino dalle grinfie del Diavolo. La pittura, da secoli oggetto di devozione da parte delle popolazioni locali e continuatrice di più antico culto della Vergine risalente alla fine del sec. XIV (un'immagine mariana si trovava, almeno fino ai primi del '700, nella lunetta esterna del portale della chiesa, fatta dipingere da Giovanni Mingogi, vicario lucchese di Montecarlo nel 1387), venne eseguita nel clima di rinnovata fede mariana che si creò in Italia dopo lo sbarco dei Turchi ad Otranto, nel 1480: alla Vergine vennero attribuiti numerosi miracoli, quali l'apparizione per cacciare i Pisani, alla fine del '400, e la salvezza del paese dall'epidemia di peste del 1631: nella grandissima moria di quell'anno non ci furono vittime tra le mura di Montecarlo, e si attribuì alla Vergine la salvezza totale dal morbo. Si passa all'altare di 5. Silvestro, il quadro del quale venne dipinto dal fiorentino Francesco Conti, allievo di Carlo Maratta, quando gli fu commissionato nel 1738 dalla famiglia fiorentina dei Rucellai. L'altare fu eretto dopo il 1487 per lascito del montecarlese Gherardo di Arrigo di Barsante, detto Billò, che, oltre ad una ricca dote patrimoniale per l'altare stesso, lasciò anche al Comune di Montecarlo una quantità di beni immobili, col ricavato dei quali costituire le doti di due fanciulle povere ogni anno. Nella parete interna della facciata si trova l'organo, risalente al 1742, con numerose aggiunte e restauri nel corso del tempo, soprattutto nell'impianto della grande cantoria, del 1782: la presenza della musica dell'organo a Montecarlo risale almeno al 1554, armo in cui le "piastre" che lo componevano furono sotterrate dall'organista prete Piero Panzani per sotterrarle al saccheggio dei Francesi.